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BAC/BIBAC/Fosmid文库构建

本公司团队人员有丰富的BAC、BIBAC、Fosmid等文库构建的经验,构建过包括脊椎/无脊椎动物、单/双子叶植物、放线菌、链霉菌、真菌和藻类在内的大量BAC文库。

公司采用自己构建的载体pIndigoBac536-S和自己建立的方法构建文库。该载体采用蓝白斑筛选,从而能有效减少空载;在载体插入位点两侧具有18碱基的超稀有酶切位点I-SceI,从而几乎所有BAC克隆用此酶切下的插入片段都只有一条带,使得该载体具有以下优点:

  1. 文库插入片段大小的检测简单而又精确;
  2. 完整大片段DNA的回收和在不同载体之间的交换都非常方便;
  3. 末端测序后,插入片段可作为精确的“卡尺”用来检测基因组序列组装的正确性。

保存在384板上的克隆的双克隆或多克隆污染能非常容易地被鉴定出来。如果一个样品被I-SceI酶切出两条都接近平均插入片段大小的带,则该样品极有可能是双克隆污染。BAC文库克隆交叉污染的可能性和严重性在Schulte D等和我们的文章中都有详细的讨论。

质量保障:高的文库质量是由先进成熟的建库技术和严格的质量监测体系共同保证的。本公司除有先进成熟的建库技术外,采用的质量监测体系为文库的质量提供了切实的保障。

  1. 插入片段检测。载体的优势使得空载、插入片段大小和双克隆或多克隆污染一目了然。
  2. BAC末端测序。序列搜索比对使得重复克隆和细菌基因组、叶绿体、线粒体等DNA污染一清二楚。